Anna Margules pertenece a la primera generación nacida en México (1965), de una familia de trashumantes. Ahí crece y se forma. Estudia Flauta de pico con Horacio Franco, y Letras Modernas Francesas, ambas en la Universidad Nacional Autónoma de México.

Luego, quizás por una especie de inercia genética, a lo mejor por tratar de buscar sus raíces, o simplemente por avidez de conocimiento, decide seguir con la saga y se traslada, a su vez, a Europa.

Primero vive en Ámsterdam en donde recibe educación flautística por parte de Walter van Hauwe en el Sweelinck Conservatorium. Luego viaja Francia, Italia y España para seguir las clases sobre música del Trecento Italiano impartidas por Pedro Memelsdorff.
En 1995 se enamora de Madrid. Ésta vez, consciente de ser la primera de su familia que está en otro sitio por voluntad propia, y no obligada por los infortunios de la historia, decide quedarse.
Anna Margules logra este recorrido gracias a los diferentes apoyos recibidos a lo largo de su carrera como músico: Becas del Nuffic (1991-1993), UNAM (1993-1995), Fondo Nacional para la Cultura y las Artes de México (1995 / 2004).

Desde siempre su interés por los diversos modos de expresión artística contemporáneos la ha llevado a colaborar continuamente con diferentes compositores, habiendo realizado numerosos estrenos. Por la otra, ha desempañado una intensa actividad dentro de la Música Antigua difundiendo el repertorio de los siglos XIV y XVI. Ha sido miembro de diversos conjuntos de cámara: Plural Ensemble (siglo XX), Los Músicos del Buen Retiro (siglos XVII-XVIII) , Sforzinda (siglo XVI) y especialmente Trio Subtilior (siglo XIV) y ha participado en destacados ciclos de conciertos y festivales de México, Estados Unidos y gran parte de la geografía europea.
Ha hecho múltiples programas para radio en México (Opus 94), Suecia y España ("Producciones Propias" de Radio Clásica, Radio Nacional de España) y ha grabado los CD En Seumeillant, Machaut, el Cançoner del duc de Calabria, Orlando di Lasso, Il primo libro de motteti (Ars harmonica-La mano de Guido), ¿De que lado? (Verso).
Anna Margules combina su actividad concertística con la docencia. Así, ha impartido cursos especializados tanto en México, como en Suecia y España. Actualmente enseña en el Conservatorio Superior de Música de Aragón.